洪荒时期，黄帝、炎帝、蚩尤三大部落争取天下。炎帝部落老首领之子炽因不满父亲将首领之位传于身世不明的炎而发动叛乱。炎帝平息了叛乱后，炽因下落不明。不久，炎帝被黄帝打败之后，隐姓埋名远走他乡。多年后炎帝化名为神农，尝百草救世人。黄帝发现治病救人的神农原是炎帝，两个老对手重逢，黄帝对神农既充满怨恨又十分敬重。尽管神农用尽了方法，也只能暂时控制瘟疫的蔓延，并不能够彻底的消除瘟疫。神农感怀世人疾苦，独自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。后逢神界大乱，岌岌可危之时，女娲回归，降伏了魔帝。花神劝说母亲放过魔帝。女娲遂开辟了冥界供魔帝职掌。众人皆以为天上人间重归太平。不料女娲看见人间仍然是荒芜一片，纷乱四起，十分寒心，有了灭世的念头。玉帝和黄帝联手与女娲一战，终不是女娲的敌手。