X档案是联邦调查局的一个部门，那里面贮存着几十年来遇到的无法解释的超自然现象案件……两位联邦调查局探员追查一桩又一桩非同寻常的案件。特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。特别探员Dana Scully在工作的过程中，看到了许多无论科学或是逻辑都解释不通的事情，她的信仰受到了考验，她渐渐开始相信外星生命的存在。